Balthasar Staehelin a rejoint le CICR en 1993 où il a servi au Moyen-Orient, en Afrique, dans les Balkans et au siège du CICR à Genève. En tant que délégué général pour le Moyen-Orient et l'Afrique du Nord de 2002 à 2006, il a supervisé les activités du CICR dans la région, notamment les opérations en Irak pendant la deuxième guerre du Golfe, avant d'occuper le poste de directeur adjoint des opérations pour la politique et les affaires mondiales de 2006 à 2008. En 2008, il a rejoint le gouvernement local à Genève où il a dirigé le département chargé de fournir des programmes d'aide sociale, de logement, de santé et d'intégration pour les réfugiés et les demandeurs d'asile. En août 2012, il est revenu au CICR en tant que directeur général adjoint, où il a supervisé la coopération et la coordination du CICR avec le Mouvement de la Croix-Rouge, ainsi que le Bureau mondial de conformité de l'organisation.
M. Staehelin est titulaire d'une maîtrise en histoire, en littérature anglaise et en droit constitutionnel de l'Université de Bâle, en Suisse.