Jean-Nicolas Marti est né le 4 juillet 1967 à Fribourg, en Suisse. Il est de nationalité suisse et est titulaire d'un diplôme en sciences militaires de l'École polytechnique fédérale de Zurich.
M. Marti a commencé sa carrière au CICR en tant que délégué au Sri Lanka (juin 1997 - juillet 1998).
Par la suite, M. Marti a travaillé au siège du CICR à Genève (octobre 1998 - juin 2003) où il a notamment assumé la fonction de chef adjoint de l'unité chargée des relations avec les forces armées et de sécurité.