Depuis août 2019, le Dr Köhler est Directeur général adjoint pour la protection civile européenne et les opérations d'aide humanitaire à la DG ECHO de la Commission européenne, où il coordonne les activités d'aide humanitaire de l'UE dans le monde entier.
Auparavant, de 2015 à 2019, il était directeur de la politique de voisinage de l'UE à la direction générale des négociations de voisinage et d'élargissement (DG NEAR) de la Commission européenne, où il était responsable de la coopération avec les pays arabes méditerranéens et Israël. De 2013 à 2014, il avait été directeur pour le voisinage oriental et méridional à la direction générale du développement et de la coopération internationale (DG DEVCO), chef de cabinet du commissaire à l'énergie, Günther H. Oettinger entre 2010 et 2013 et chef de cabinet du commissaire aux affaires maritimes et à la pêche, Dr Joe Borg, entre 2008 et 2009.
Depuis son entrée à la Commission européenne en 1994, M. Köhler a occupé plusieurs postes, dont ceux de responsable de secteur pour le Yémen et l'Irak, d'assistant du directeur pour la Méditerranée du Sud, le Moyen-Orient et le Proche-Orient, de correspondant européen adjoint, de chef d'unité adjoint chargé de la coordination de la politique étrangère et de sécurité commune, de chef de cabinet adjoint du commissaire Borg, de chef d'unité pour les affaires internationales et le droit de la mer à la direction générale des affaires maritimes et de la pêche et de chef d'unité par intérim pour la politique maritime en Méditerranée et en mer Noire.
Avant de rejoindre la Commission européenne, il a travaillé comme représentant de la Fondation Konrad-Adenauer au Maroc et en Tunisie, puis au département de planification politique du ministère fédéral de la coopération économique et du développement en Allemagne. Michael Köhler est titulaire d'un doctorat en histoire et en études moyen-orientales de l'université de Hambourg (1987). Il est l'auteur d'une trentaine de livres, d'articles d'études islamiques internationales et de revues de politique étrangère sur les aspects du développement politique, économique et culturel du monde musulman, sur la Ligue arabe et sur l'intégration régionale au Maghreb, la coopération en Méditerranée et la coopération au développement.
Depuis 1997, il est professeur pour "l'Europe et la Méditerranée" au Collège d'Europe à Bruges, en Belgique, et entre 2006 et 2016, il a été Senior Fellow du Centre d'études sur l'intégration européenne à l'Université de Bonn, en Allemagne.